PrEP rất an toàn, không có tác dụng phụ đối với 90% người sử dụng.[8]

Chỉ khoảng 10% người sử dụng gặp một số tác dụng phụ nhẹ, thoáng qua lúc đầu, như tiêu chảy, buồn nôn, chán ăn, đau quặn bụng hoặc đầy hơi. Một số người có thể chóng mặt hoặc đau đầu. Các tác dụng phụ này thường kéo dài trong vài ngày hay vài tuần, nhưng thường không quá 1 tháng mà không cần ngừng PrEP. Đặc biệt, phương pháp này an toàn với hầu hết người sử dụng, bao gồm cả phụ nữ mang thai và cho con bú.[8]